1 августа 1933 года официально считается датой образования вагонного депо Ярославль, когда был организован 5-й Ярославский вагонный участок, в который и вошло вагонное депо.
За все время своего существования депо прошло через многие этапы по реорганизации, при этом депо наращивало собственную технологическую базу.
В 2000 году вагонное депо Ярославль–Главный было реорганизовано путем выделения из его состава вагонного депо Ярославль и присоединения его в качестве структурного подразделения к Ярославскому отделению Северной железной дороги.
С 2011 года в связи с созданием дочерних зависимых обществ по ремонту грузовых вагонов, депо Ярославль выходит из состава ОАО «РЖД» и становится обособленным структурным подразделением Нижегородского филиала АО «ВРК-2».
В 2020 году депо вошло в состав ООО «НВК» в качестве филиала.
Сегодня в активе депо 10 стационарных позиций для проведения планового ремонта грузовых вагонов, оборудованных электродомкратами и ставлюгами и 5 позиций для проведения текущего отцепочного ремонта вагонов. Имеются вагоноколесные мастерские и пункт промывки/пропарки вагонов.
Производственные мощности предприятия позволяют ремонтировать свыше 7 тыс. вагонов и свыше 3 тыс. колесных пар в год.
Профессиональный коллектив предприятия насчитывает 205 человека.