Годом основания депо считается 1935 год, когда из состава паровозного депо станции Прохладная был выделен цех текущего отцепочного ремонта вагонов, существовавший здесь ещё с дореволюционных лет.
Впоследствии в 1997 году депо ст. Прохладная было переименовано в вагонное депо Прохладненское. А в 2001 году депо получило новый статус – вагонное депо Прохладная – структурное подразделение Минераловодского отделения – филиала Северо-Кавказской железной дороги.
С 2011 года депо было в активе АО «ВРК-2», а с 2020 года становится филиалом ООО «НВК»,
За более чем 80-летнюю историю депо прошло огромный путь — от нескольких примитивных токарных станков, полукустарной кузницы и столярной мастерской в начале 20-го века до промышленного предприятия с передовыми методами работы.
В настоящее время в вагоносборочном участке имеется 8 стационарных позиций, 7 из которых оборудованы ставлюгами и 1 позиция оборудована электрическими домкратами. Депо имеет 2 позиции для проведения текущего отцепочного ремонта вагонов. Производственные мощности позволяют ремонтировать свыше 3 тыс. вагонов в год.
За годы своего существования депо Прохладная накопило огромный опыт работы и профессионального мастерства, в штате депо 122 человека.