В 1935 году был построен вагоноремонтный пункт в Коноше, а в 1947 году образовано вагонное депо Коноша.
Впоследствии в 1996 году депо было реорганизовано в обособленное подразделение Вологодского отделения Северной железной дороги.
В последующие годы в ходе структурной реформы, проводимой ОАО «Российские железные дороги», и разделения вагонного хозяйства на эксплуатацию и ремонт, в 2011 году депо Коноша вошло в состав АО «Вагонная ремонтная компания-2» в качестве обособленного структурного подразделения Нижегородского филиала.
В 2015 году в состав депо Коноша в качестве вагонного участка вошли вагоноколесные мастерские Кулой.
В 2020 году депо становится частью активов ООО «Новая вагоноремонтная компания».
На сегодняшний день производственные мощности депо позволяют ремонтировать около 4 тыс. вагонов и свыше 3 тыс. колесных пар в год. Участки депо оборудованы современным оборудованием для ремонта и диагностики
Ремонт вагонов производиться на 6 ремонтных позициях в вагоносборочнном участке оборудованных откидными ставлюгами и 4 ремонтных позициях, расположенных перед вагоносборочными путями, оборудованных электродомкратами грузоподъёмностью 35т. Ремонт узлов и деталей грузовых вагонов производиться в соответствующих участках и отделениях депо.
Профессиональный штат сотрудников включает 198 человек.